Os coordenadores de escola são os representantes da AMA nas escolas de ensino regular com as quais existem protocolos para o ensino artístico especializado, em regime articulado. Compete-lhes articular com os órgãos pedagógicos destas escolas - diretor de agrupamento, coordenador de escola e/ou de ciclo e diretores de turmas - as questões de funcionamento regular dos cursos básicos de música e dança, nomeadamente no que respeita a horários, faltas de professores e alunos, material de apoio às aulas, audições e outras atividades a realizar pela AMA para além da integração dos alunos/turmas em atividades próprias das escolas.
Os coordenadores de escola funcionam também como órgão de contacto com os encarregados de educação, podendo responder a questões importantes do funcionamento das aulas e atividades da AMA e, caso seja necessário, encaminhar para a direção pedagógica todos os assuntos que necessitem de um acompanhamento mais específico.
| Escola | Coordenador | E-Mail (@academiamalcobaca.com) |
| Agrup. de Escolas de São Martinho do Porto (SMP) | Rui Ramos | coordenacaosmp |
| Agrup. de Escolas Marinhas do Sal - Rio Maior (RM) | Joel Ferreira | coordenacaorm |
| Agrup. de Escolas da Nazaré | Rogério Petinga | coordenacaoaen |
| Agrup. de Escolas de Cister (DPI/FEM/PAT) | Tiago Morin | coordenacaoaecister |
| Agrup. de Escolas da Benedita (FAB) | Susana Esequiel | coordenacaoaeb |
| Externato Cooperativo da Benedita (ECB) | Susana Esequiel | coordenacaoecb |