Os grupos são estruturas de apoio à Direção Pedagógica e estão organizados por tipo de disciplinas, instrumentos e área artística, no ensino artístico especializado. Para além destes existe ainda um grupo para os projetos para a comunidade da AMA (pré-escolar, atividades de enriquecimento curricular no 1º ciclo, atividades para públicos com necessidades educativas especiais e ensino sénior).
Os grupos reúnem regularmente para abordar temas relacionados com o funcionamento das disciplinas e/ou cursos respetivos tendo cada um deles um coordenador que, entre outras funções, o representa no Conselho Pedagógico.
| Grupo Disciplinar | Coordenador | E-Mail (@academiamalcobaca.com) |
| Madeiras | Rui Ramos | cordenacaomadeiras |
| Metais e Percussão | Nuno Carreira | coordenacaometais_percussao |
| Cordas Dedilhadas | Tiago Morin | coordenacaocordasded |
| Cordas Friccionadas | Diane Santos | coordenacaocordasfricc |
| Piano e Acordeão | Sara Bernardes | coordenacaopianos |
| Formação Musical e Ciências Musicais | Renato Luís | coordenacaofm |
| Classes de Conjunto | Vera Santos | coordenacaocc |
| Dança | Rita Abreu | ritaabreu |
| Projetos para a Comunidade | Dalila Vicente | dalilavicente |