Os grupos disciplinares são estruturas de apoio à Direção Pedagógica e estão organizados por tipo de disciplinas, famílias de instrumentos e área artística.
Os grupos reúnem regularmente para abordar temas relacionados com o funcionamento das disciplinas e/ou cursos respetivos, tendo cada um deles um coordenador que, entre outras funções, o representa no Conselho Pedagógico.
| Grupo Disciplinar | Coordenador | E-Mail (@academiamalcobaca.com) |
| Madeiras | Maria Paixão | cordenacaomadeiras |
| Metais e Percussão | Nuno Carreira | coordenacaometais_percussao |
| Cordas | Nuno de Vasconcelos | coordenacaocordas |
| Piano e Acordeão | Sara Bernardes | coordenacaopianos |
| Formação Musical e Ciências Musicais | Carlos F. Cruz | coordenacaofm |
| Classes de Conjunto e Canto | Tiago Morin | coordenacaocc |
| Dança | Rita Abreu | ritaabreu |